В сложных условиях начального периода Великой Отечественной войны, когда наблюдалось массовое попадание командиров в плен, 16 июля 1941 года вновь вернулись к системе военных комиссаров. Но теперь они снова, как и в годы Гражданской войны, были наделены не только воспитательными, но и контрольными функциями.
Политбюро ЦК ВКП(б) приняло постановление «Об отборе коммунистов для усиления партийно-политического влияния в полках». Согласно этому постановлению, обкомы партии обязаны были отобрать и послать в действующую армию в качестве политбойцов более 18 тыс. коммунистов и лучших комсомольцев.
Всего же за первые шесть месяцев войны в действующую армию было направлено 100 тыс. политбойцов. Основная их задача состояла в «мобилизации личного состава армии и флота на решительную и самоотверженную борьбу против немецко-фашистских захватчиков».
Однако просуществовали комиссары в РККА недолго – осенью 1942 года институт военных комиссаров был ликвидирован, и на этот раз — окончательно.
начальник политотдела 1943